一、从章程自治规范性分析章程限制股权转让的正当性
公司成立之初是以股东合意制定的公司章程为基础而建立的社团组织。具有共同利益追求的公司股东基于合意形成联盟，通过一系列规程成立公司，以章程作为公司运行的唯一准则，同时基于章程使公司享有充分的自治权。因此，如何理解章程性质，关系到公司章程与公司法如何适用的问题。具体来说，关于公司章程性质的学说主要有以下三种。
(一)宪章说
宪章说认为，章程是对公司内部事务管理及公司运营机制的规范的宪章性书面文件。这种学说主导下的公司章程是强行法的附属，公司以章程为依据管理内部事务、构建公司内部运行机制，并划分各机构职责权限及其成员的权利义务。由于该学说强调公司章程的不可违背性，使法律可以“任意进出公司大门”，极大限制甚至剥夺了公司的自治权，已经不适应现代公司的发展需求。
(二)契约说
契约说认为，章程是社员共同达成的意思表示一致的合意，合意一旦达成，社员即受该章程约束，成为公司股东。股东基于其自由意志通过转让股权而退出公司，不必受到法律或其他约束，因此，章程具有契约性质。
契约说以国王颁发的特许令为源头，作为一种当事人与政府间的契约正式出现，并逐渐为英美法系国家认可。但由于章程契约说本身的理论缺陷，如章程基于股东合意制定却不需全体股东一致同意即可变更。再如，公司成立之初便已存在的章程突破合同相对性而对后加入的股东具有同样的约束力。这些理论冲突是章程契约说无法合理解释也无法解决的难题。
(三)自治规范说
大陆法系国家普遍认为，公司章程是公司的自治规范，即章程“自治法规范说”。“公司章程的自治规范说，即自治法说或自治法规说，认为公司章程不单是合意的结果，更是对公司内部各种利益主体进行约束和规范的具有一定稳定性、强制性的自治规范。”[1](P95)“公司章程之所以具有自治法规的特征，原因在于：首先，章程有公司依法自行制定;其次，章程的规则由公司自己执行，无须国家强制力保证;最后，章程的效力仅及于公司和相关当事人而不具有普遍约束力。”[2](P115)。基于此，公司章程被视为一种自治法规，甚至有学者干脆将其视为公司法的一种渊源。
目前，我国关于章程性质的认定，学界及司法实践都普遍认可“章程自治规范说”。该学说为有限责任公司章程限制股权转让提供了法理上的正当性。
二、从有限责任公司人合性兼资合性分析章程限制股权转让的正当性
现代公司法以股权自由转让为原则。而有限责任公司由于其人合性兼资合性的特性，在股权转让实践中也应区别于股份有限公司，对章程限制股权转让的条款不应一味否定其效力。
有限责任公司首先是资合性公司，其次，是在资合性基础上加入人合性因素后形成的具有股份公司特性的公司形态。“有限公司本质上是一种资本企业，资本是其股权出资的最本质核心。”[3](P224)股东出让股权是为了收回投资，股权股东的财产性权利、可转让性是其固有的属性。股权转让可以在公司陷入僵局或股东无力继续拥有股份时，使股东在公司继续存续的前提下收回投资。因此，有限责任公司的资合性就必须保证股权自由转让。但有限责任公司的人合性则对股权转让做出了一些限定。
有限责任公司的股东基于对彼此的信任成为合作伙伴，公司基于股东之间紧密的联系和信赖而发展起来。股东之外的第三人加入公司或已经形成稳定合作关系的股东退出公司，都会导致股东结构发生变化，从而影响有限责任公司赖以存在的人合性基础。因此，有限责任公司的股东转让其股权要受到一定限制。在实践中，有限责任公司通常在章程中拟定限制股东转让其股权的条款。由此，有限责任公司的人合性兼资合性又为章程限制股权转让提供了正当性基础。
三、有限责任公司章程限制股权转让正当性的现实需求
目前，对股权自由转让做出一定限制是绝大多数国家有限责任公司章程的普遍做法。股权转让的限制性是股权转让制度必不可少的理论内容，同时也出于平衡各主体利益关系的需要，通过章程或协议对转让进行必要限制，具有其正当性。
(一)维持公平与效率的衡平
公司作为市场主体，最清楚是否有必要限制，以及如何限制股权转让，才能为公司带来最大利益，“而且为预防在日后经营过程中可能出现的某些不利情况，在制定章程时，那些具有丰富商业经验的股东或他们的律师就会在章程中予以明确规定。这样的规定，貌似违反了股份转让自由的原则，却是十分有效率的。”