用 InDesign 的思路简单试了一下，似乎可以：
先把脚注文本编辑成你想要的格式，选中格式符合你需求的那些文本，然后打开样式抽屉，点击「脚注文本」段落样式的红色警告三角，点击「重新定义所选部分的样式」：
这样，你就用自定义的段落样式更新了默认的「脚注文本」段落样式，此后脚注的段落样式都会遵守这个样式。
不过，从段落样式的层次，显然你无法分别定义中西文字体了。
段落样式是可以储存在模板中的。
这是很基础的段落样式思路……其他「标题」、「正文」之类的段落样式你也可以自定义，你还可以创建自己的段落样式。你还可以用字符样式做更复杂的排版。
段落样式可以承载许多样式，比如字体、字号、颜色、行高、段前/后距离、制表位……
另外，Pages 对中西文混排的支持并不好，没法像 Word 那样简单地分别指定中西文字体，所以个人感觉它不适合用来给中文论文排版。呃，其实我个人不建议大家用 Pages 做任何要求精确格式的中西文混排。
用 InDesign 的思路简单试了一下，似乎可以： 先把脚注文本编辑成你想要的格式，选中格式符合你需求的那些文本，然后打开样式抽屉，点击「脚注文本」段落样式的红色警告三角，点击「重新定义所选部分的样式」：这样，你就用自定义的段落样式更新了默认的