事业单位是以政府职能、公益服务为主要宗旨的一些公益性单位、非公益性职能部门等。它参与社会事物管理，履行管理和服务职能，宗旨是为社会服务，主要在教育、科技、文化、卫生等方面。
事业单位的财务特性是耗费，社会特性是以自己的技术和人力为公众服务。事业单位财务管理质量的高低，直接影响财政预算执行质量，决定政府贯彻招待财政意图能否实现。其主要任务是合理编制单位预算，如实反映财务状况，依法增加收入，努力节约支出，建立健全财务制度，加强经济核算，提高资金使用效益，加强国有资产管理，防止国有资产流失，加强对单位经济活动进行财务控制和监督。
财务管理相对单调与简单的常规做法与其实际发展的复杂性之间产生了较大的矛盾，造成了事业单位财务管理方面的种种问题。
（一）预算收支、预算编制和监督评价的平衡点难把握
部分事业单位的管理层简单的把财务管理理解为“要钱、花钱”的过程，将单位的财务重点放在了资金的收与支上，导致了财务预算的随意性，是管理工作出现了“松散、乱差”的局面。预算编制的程序简单，审批不严格使得预算编制不够准确合理。预算执行后的监督评价工作应该是整个财务管理工作的重点，然而大部分的事业单位对于执行时的监督和后期的评价工作并没有足够的认识，致使财务管理在连续性的工作周期中出现了盲目性，工作并不如当初规划的那样有令人满意的效益。
（二）资金使用缺乏计划性
当前大多数事业单位的资金存在的一个普遍问题就是其使用并没有计划，即使有计划也是很粗略的一个数字，或是虽有计划定额但只是一个形式而已，对资金收支的使用情况也只是停留在表面平衡上，很少对资金的使用效率进行考核。部分单位虽然编制了预算，但对预算资金使用效益并没有进行跟踪审计，即使跟踪调查，也是分析肤浅，总结简单，效益考核基本走个过场，成本考核基本是空白，从而使很多资金难以取得预期的社会效益。
（三）财务人员素质有待提高
目前很多事业单位的人员素质偏低，主要不是指单位人员学历，而是指很多财务人员不能在原有基础上对自身的专业技术通过学习得到提升，理财观念陈旧，知识欠缺，方法落后，同时单位中会出现闲职很闲，兼职很忙的局面。这样一来，很多单位就陷入了一个恶性循环：工作忙—没工夫学习—专业素养得不到提升—业务效率低—工作忙。
（四）管理制度不健全
事业单位的管理制度不健全主要体现在以下几个方面。
1.固定资产管理方面
有的单位长期以来未对固定资产进行盘点和清理，资产使用效率低，账面数与实存数不符，流失严重；监督机制不健全；固定资产出租管理不到位且混乱，取得的收益不上缴财政专户。
2.
相关财务制度和会计制度方面
财务管理制度和财务会计基础工作较为薄弱。事业单位的财务管理制度不健全，表现在当前一部分事业单位的内部控制体系不够完善。事业单位的内部牵制制度、稽核制度、监督制度没有得到真正落实。
3.
单位内部控制制度方面
会计岗位设置和人员配置不够合理，业务交叉过杂，职责不明确。有相当一部分单位未设内审机构，已建立内审机构的单位不能发挥应有作用；单位内控制度有待完善。一部分单位对建立内部控制制度不够重视，已建立了内控制度的单位，部分控制制度残缺不全或有关内容缺乏合理性。但更多的还是有章不循，将已订立的制度“印在纸上，挂在墙上”，以应付有关部门的检查审计，而在执行上大打折扣。
随着我国经济的飞速发展，财务管理在事业单位中的作用越来越重要，逐渐成为单位管理的核心内容。鉴于以上的问题，现提出几点对策。
（一）完善财务管理制度，优化财务管理流程
通过制订各种财务规章制度，定期检查、考核和分析各项财务管理制度的执行情况，争取做到有章可循，谨小慎微。建立实施内部审计制度，依照国家法律、法规和财务制度对单位各项经济活动进行独立的检查和评价，揭露财务管理潜在的风险、效果和效益。以单位的客观情况为基础，统筹兼顾，保证重点，收支平衡，全面反映预算单位所有收入和支出，将预算编制与本单位事业发展计划紧密结合，保证预算内容的完整性和科学性。
（二）提高领导财务管理的意识，加强财务人员的专业知识教育
事业单位财务管理工作的好坏，与单位负责人对财务管理工作的重视和认识程度密切相关。因此，提高事业单位领导人的财务管理意识是解决事业单位财务管理问题的一个突破口，特别是要明确单位负责人和会计