《关于深化医药卫生体制改革的意见》和《深化医药卫生体制改革2014年工作总结和2015年重点工作任务》实施以来，新一轮的医疗事业改革步入正规，《意见》不但提出了医疗内部管理体制改革的要求，还提出了改善医院运行机制的主张，这都为现代医院财务管理的发展提供了机遇
各级医院、卫生所的财务部门在新形势下正在进行积极改进，根据近几年审计部门对市级、县级和社区医院财务收支进行审计的情况归纳当前医疗财务收支审计存在的问题，并提出相应的对策，具体如下
1.一、医疗财务收支审计存在的问题
1.11.医院信息化程度高
县级以上医院虽然近几年才刚刚实行信息化，但发展速度快，信息化程度相当高，后台数据庞大，与审计人员熟悉的行政事业单位财务软件存在很大差异
审计人员要实现对医院的审计就必须对于医院信息系统有所了解，能够独立采集与分析财务数据、业务数据
1.22.医院成本开支范围混乱
站在医院的角度考虑，要想补偿医疗活动耗费，就需要先搞清医疗活动的成本，只有弄清了成本，才能制定医疗服务价格
为了进行成本核算，就需要进行市场调研，进行缜密、严格的成本核算，将真实、可靠的信息提供给医院相关领导
但是，当前的医院审计过程中，核算方法却出现了两个极端
经济效益不好的医院，通过虚假住院、医保挂床骗取医保报销，增加医院收入；而经济效益比较好的医院则通过扩大成本开支等手段，让自己的成本虚高，利润虚低
1.33.医院绩效工资存在的问题
从当前的情况来看，医院职工的收入是个敏感问题，群众普遍反映医生、护士的收入相当高，既有显性收入（账面工资）又有隐性收入（科室绩效）
针对这一问题我们既从正面询问医院制度对绩效工资有无规定，又从账面查找线索，发现大多数医院对绩效工资虽有明确规定，但基本是通过医院财务向各科室发放现金，再由科室负责绩效工资的核算与发放
由于各业务科室对审计及其他检查的不配合，不提供相关账目，造成对医务人员绩效工资审计的空白，并且普遍存在绩效工资个人所得税漏缴的情况
1.44.药品、材料加价审计业务量大
对于县级以上的医院来说，药品、医用卫生材料、治疗费的加价审计是一项庞大复杂的任务
一方面药品、医用卫生材料等项目繁多，另一方面近几年公立医院财务制度、药品加价制度不断进行改革，使得不同时期不同项目的加价审计工作量相当大
1.55.部门收支未纳入预算
一方面，医疗的财务收支审计范围也应该纳入非独立核算的分院，并对其进行预算管理，将这部分收支和医院的财务汇总，合并之后编制一个通用的财务报告
另一方面，有些科室存在检查费不经医院收费处，而是在检查科室直接收取现金
但是，在当前的财务收支审计过程中，一些医院却未将非独立核算收支以及不经过收费处的检查费纳入医院收支审计范围内，影响了财务收支的系统性和医院收入的完整性
2.二、新财务制度下医疗财务收支审计的对策
2.11.加强基础工作审计
会计基础工作是会计工作的根基，而会计工作是审计工作的基础，为了确保财务收支审计的质量，就需要加强会计基础工作审计
具体来说，医院要设置科学的会计科目，严格审核原始凭证，确定支付款项审批、会计凭证的合法性
只有做好这三个方面的会计基础工作，才能真正确保财务收支审计的质量
2.22.提高审计人员财务素质和计算机水平
新财务制度实施以来医院财务人员积极学习、使用新的财务制度到具体实物中，这就要求审计人员自身也了解新医院财务制度，加强对新财务制度的学习，熟悉新的医院记账情况
同时，对医院财务收支的审计不仅限于医院财务系统，医院的财务系统与业务系统是不可分离的有机统体，医院的各项财务收支是基于业务系统的
每一件库存材料、药品的购进都关联一项费用的支出，每一个病人的门诊或住院都关联着一项收入
这就决定了审计人员不仅要了解医院的业务体系，更要会运用计算机分析医院业务系统中的数据
2.33.完善管理制度审计
财务是审计的基础，为了确保财务收支审计的效果，应该加强对财务制度的审计
具体来说，应该做到如下几点：第一其一，审计财务制度的效果
在审计过程中，应该对财务制度的合理性、有效性进行评估，及时发现制度存在的不足，并采取相应的对策，确保会计信息的可靠性
；第二其二，审计财务制度的稳定性
医疗审计人员应该审计制度的执行可持续性、稳定性，确保制度的连贯性、有效性
；第三其三，审计制度的变更情况审